Para não gerar confusão e divisão entre os fiéis, os agentes pastorais do Ordinariato devem seguir, dentro do possível e adaptando-se às circunstâncias, as novas em vigor nas Dioceses territoriais onde se situam as Unidades das Forças Armadas e das Forças de Segurança. Não obstante, em certos casos, podem ter de reger-se por normas próprias.
Neste âmbito, apresentam-se as seguintes orientações pastorais gerais, duas delas adoptadas das normas em vigor no Patriarcado de Lisboa.
* Normas do Patriarcado de Lisboa sobre a utilização dos lugares para fins alheios ao Culto
* Procedimentos para a obtenção da Declaração da Nulidade do Matrimónio.
* Procedimentos por ocasião do falecimento de pessoas juridicamente afetas às Capelanias
* Procedimentos a propósito na natureza cultural das igrejas e capelas