A Autoridade Marítima Nacional coordena as atividades a executar pela Marinha nos espaços dominiais públicos e marítimos sob soberania e jurisdição nacional.
Como tal, desde que existe assistência religiosa nas Forças Armadas, sempre se incluiu a Autoridade Marítima Nacional como beneficiária deste serviço, porque estreitamente vinculada à Marinha. Não obstante, e a pedido do Director-Geral, Sua Excelência o Vice-almirante António Manuel Fernandes da Silva Ribeiro, achou-se conveniente que um Capelão passasse a deter uma responsabilidade mais directa. Devido à exiguidade de pessoal eclesiástico, assumiu esta tarefa o Capelão-Adjunto para a Marinha, P. José Ilídio Costa.
Estão sob a dependência da Autoridade Marítima Nacional os seguintes organismos, dispersos pelo todo nacional: Polícia Marítima, 5 Departamentos Marítimos, 28 Capitanias dos Portos, 18 Delegações Marítimas, Instituto de Socorros a Náufragos, Direcção de Faróis, Direcção de Combate à Poluição do Mar e Escola da Autoridade Marítima.
Para comemorar esta nova forma de colaboração na assistência religiosa, a 25 de Fevereiro, D. Manuel Linda, Bispo das Forças Armadas e das Forças de Segurança, visitou o Director-Geral e demais Militares da Direcção-Geral da Autoridade Marítima, na sua sede, na Ribeira das Naus, em Lisboa.